هر عمل جراحی که در نظر بگیرید عوارضی در بر دارد که عمل ختنه هم بی شک بدون عوارض نمی باشد. چند مورد از این عوارض را می توان به این شکل بر شمرد :

۱- بد شکل شدن ناحیه عمل : اگر این عمل به طور صحیح و توسط شخص ماهری انجام نشود از نظر شکل ظاهر زیبایی که ندارد هیچ گاها زشت و چندش آور هم می شود ، مخصوصا بخیه های درشت و نا متقارن . کج بریدن یا کم و زیاد بریدن پوست و ... حذف بیش از حد پوست می تواند در بزرگسالی باعث انزال زودرس گردد. 

۲- درد و خونریزی

۳- عفونت

۴- بروز تشنج : بخاطر استفاده از لیدوکائین تقلبی یا تزریق بیش از حد لیدوکائین برای بی حس نمودن موضع عمل گاها بروز تشنج در کودکان را منجر می شود که متاسفانه در چندین مورد هم مرگ کودک را به همراه داشته است.