برخی از اختلالاتی که تاثیر بر آلت تناسلی میگذارند عبارتند از:  

نغوظ دائم Priapism 

Priapism  یک بیماری مزمن است ، که در آن آلت تناسلی اغلب به صورت دردناکی به مدت چندین ساعت تا چندین روز به صورت سیخ شده باقی می ماند. سیخ شدن در نغوظ دائم در ارتباط با فعالیت جنسی نیست و به وسیله اوج لذت جنسی بر طرف نمیشود. علل شایع نغوظ دائم عبارتند از:

-  سو ء مصرف الکل یا مواد مخدر( بخصوص کوکائین)

-  اغلب داروها شامل، برخی ضد افسردگی ها و داروهای ضد فشار خون.

-   مشکلات نخاعی

-  صدمه به ناحیه تناسلی

-  بیهوشی(هوش بری)

-   درمان تزریقی آلت( درمانی برای ناتوانی جنسی عدم سیخ شدن)

-  بیماریهای خونی، شامل سرطان خون(لوسمی) و بیماری خونی داسی شکلSickel cell

درمان برای نغوظ دائم مهم است، چون سیخ بودن طولانی مدت می تواند موجب جای زخم در آلت شود اگر درمان نشود. هدف از درمان رها کردن از حالت سیخ شدن و حفظ عمل آلت است. در اغلب موارد، درمان در برگیرنده تخلیه خون به وسیله استفاده از نیدل که در کناره آلت قرار می گیرد می باشد. داروهایی که کمک به چروکیده شدن عروق خونی میکنند، و در نتیجه موجب کاهش جریان خون به آلت می شوند، همچنین ممکن است استفاده شوند. در موارد نادر، برای جلوگیری از صدمه دائم به آلت تناسلی جراحی ممکن است لازم باشد. درمان هر بیماری زمینه ای یا مشکل سو ء مصرف از ماده در پیشگیری از نغوظ دائم مهم است. 

بدترین عارضه پریاپیسم, ناتوانی جنسی است که بعد از پریاپیسم طولانی ( چند روز) شایع است. تشخیص سریع( در عرض چند ساعت) و درمان فوری از بروز این عارضه جلوگیری می کند.

اختلالات آلت تناسلی مردان 

Balanitis التهاب پوست پوشاننده سر آلت است. وضعیتی مشابه به نام balanoposthitis ، که سر و پوست جلویی سر آلت ملتهب می شود. نشانه های balanitis شامل قرمزی، خارش، بثورات جلدی، درد و ترشح بدبو است.

بالنیت اغلب در مردان و پسران که ختنه(برداشتن پوست جلویی به وسیله جراحی) نشده ، و دارای بهداشت پایین می باشند اتفاق می افتد.التهاب میتواند اتفاق افتد اگر پوست حساس زیر پوست ختنه گاه به صورت منظم شسته نشود و عرق ، مواد زائد طبیعی، پوست مرده و باکتری در زیر پوست ختنه گاه جمع شده و موجب تحریک گردد. وجود پوست تنگ ممکن است تمیز کردن این ناحیه را مشکل کند و منجر به تحریک به وسیله موادی که بوی بد می دهند (smegma) که میتوانند در زیر پوست ختنه گاه تجمع یابند شود. 

دیگر علل شامل: 

- درماتیت/ آلرژی. درماتیت التهاب پوست است، که اغلب به وسیله یک ماده تحریک کننده یا حساسیت تماسی ایجاد میگردد. حساسیت به مواد شیمیایی در اغلب محصولات- مانند صابون ها، پاک کننده ها، عطرها و اسپرم کش ها- میتواند ایجاد یک واکنش حساسیتی شامل تحریک، خارش و بثورات جلدی کند.

-  عفونت. عفونت با قارچ کاندیدا البیکانس(thrush) میتواند ایجاد خارش و بثورات جلدی پر از لکه کند. اغلب بیماریهای منتقله از طریق جنسی- شامل سوزاک، تبخال و سفلیس میتواند تولید نشانه های بالینیت کند.

بعلاوه ، مردان با دیابت( بیماری قند خون) در خطر بیشتری برای بالینیت هستند. قند موجود در ادرار که در زیر پوست ختنه گاه می ماند محیط مساعد برای رشد باکتری است.

التهاب مزمن سر آلت و پوست ختنه گاه میتواند منجر به جای زخم شده، و در نتیجه علت تنگی پوست ختنه گاه( فیموز یا تنگی غلاف) و تنگی مجرای پیش آبراه (لوله ای که ادرار را از مثانه تخلیه میکند) شود.التهاب همچنین منجر به تورم پوست ختنه گاه شده، که میتواند منجر به صدمه به آلت شود.

درمان بالینیت بستگی به علل زمینه ای دارد. اگر عفونتی موجود است، درمان شامل یک آنتی بیوتیک مناسب یا داروهای ضد قارچ خواهد بود. در موارد شدید یا مزمن التهاب، ختنه باید توصیه گردد.

استفاده از اقدامات بهداشتی مناسب میتواند کمک به پیشگیری از بالینیت در آینده کند. بعلاوه، مهم است که از صابون های قوی یا مواد شیمیایی، بخصوص آنهایی که شناخته شده هستند که موجب واکنش پوستی میگردند استفاده نکنید.  

فیموز و پارا فیموز   Phimosis and paraphimosis

فیموز وضعیتی است که در آن پوست ختنه گاه آلت آنقدر تنگ است که به عقب بر نمیگردد( دور کردن از سر آلت) که سر آلت نمایان شود. پارا فیموز زمانی اتفاق می افتد که پوست ختنه گاه، که یکبار به عقب کشیده شده، را نتوان به محل اصلی آن باز گرداند.

فیموز ، اغلب در بچه ها دیده میشود، ممکن است در زمان تولد وجود داشته باشد. آن همچنین میتواند به وسیله یک عفونت ، یا به وسیله بافت پیوندی که در نتیجه یک التهاب یا التهاب مزمن شکل میگیرد ایجاد میگردد. دیگر علت فیموز بالینیت است، که منجر به جای زخم و تنگی پوست ختنه گاه میشود. توجه بی درنگ پزشکی لازم است اگر وضعیت موجب مشکل شدن یا غیر ممکن شدن ادرار کردن شود.

پارا فیموز یک اورژانس پزشکی است که در صورتی که درمان نشود میتواند منجر به عوارض وخیم شود. پارا فیموز ممکن است بعد از یک نغوظ یا فعالیت جنسی(در افراد ختنه نشده) ، یا در نتیجه صدمه به سر آلت ایجاد شود. با پارا فیموز، پوست ختنه گاه پشت لبه سر آلت تناسلی گیر می افتد. اگر این وضعیت طولانی شود، موجب درد و تورم شده، و جریان خون را به آلت مختل میکند. در نهایت ، کمبود جریان خون می تواند منجر به مرگ بافت(گانگرین) ، شده و قطع آلت لازم باشد.

درمان فیموز ممکن است شامل کشیدن ملایم پوست ختنه گاه به مرور زمان باشد.اغلب اوقات، میتوان با مالیدن دارو به آلت پوست ختنه گاه را سست کرد. ختنه(برداشتن پوست ختنه گاه به وسیله جراحی)، اغلب برای درمان فیموز استفاده میگردد. شیوه دیگر جراحی، موسوم به Preputioplasty ، که در آن پوست ختنه گاه از سر آلت جدا می شود. در این شیوه پوست ختنه گاه باقی گذاشته میشود و صدمه کمتری نسبت به ختنه دارد.

درمان پارا فیموز تمرکز بر کاهش ورم سر آلت و پوست ختنه گاه دارد. گذاشتن یخ ممکن است کمک به کاهش ورم، در همان حالی که با فشار به سر آلت خون و مایع را به بیرون میرانیم. اگر این اقدامات در کاهش ورم و بازگشت پوست ختنه گاه به وضعیت طبیعی مفید واقع نشد، تزریق دارو برای کمک به تخلیه آلت تناسلی ممکن است لازم باشد. در موارد وخیم، یک جراح برای رها سازی  ممکن است بریدگی های کوچکی بر پوست ختنه گاه ایجاد کند. ختنه همچنین به عنوان یک درمان برای پارافیموز ممکن است استفاده شود. 

سرطان آلت تناسلی 

یک شکل نادر سرطان، سرطان آلت تناسلی وقتی اتفاق می افتد که سلول های غیر طبیعی در آلت تناسلی تقسیم و رشد غیر قابل کنترلی دارند اتفاق می افتد. اغلب تومورهای خوش خیم (غیر سرطانی) ممکن است پیشرفت کرده و سرطانی شوند.

علت دقیق سرطان آلت تناسلی شناخته شده نیست، ولی عوامل خطر معینی برای بیماری وجود دارد. یک عامل خطر هر چیزی است که شانس فرد را برای بیماری زیاد میکند . عوامل خطر برای سرطان آلت تناسلی ممکن است شامل موارد زیر باشد:

- ختنه. مردانی که در زمان تولد ختنه نشوند شانس بیشتری برای گرفتن سرطان آلت تناسلی دارند.

- عفونت با ویروس پاپیلومای انسانی(HPV) . HPVs گروهی از بیش از ۷۰ نوع از ویروس ها هستند که موجب زگیل(papillomas) میشوند. اغلب گونه های HPVs میتوانند دستگاه تولید مثل و ناحیه مقعد را در گیر کنند. این گونه های HPVs از فردی به فرد دیگر در زمان تماس جنسی انتقال می یابد.

- سیگار کشیدن. سیگار کشیدن بدن را در معرض مواد شیمیایی سرطان زای زیادی قرار می دهد که فراتر از ریه تاثیر میگذارد.

- Smegma .ترشحات روغنی میتواند در زیر پوست ختنه گاه تجمع یابد. نتیجه یک ماده سفت، بدبو موسوم به Smegma است. آلت زمانی که کاملا تمیز نشود، وجود Smegma میتواند علت تحریک و التهاب باشد.

-  فیموز. این وضعیتی است که در آن پوست ختنه گاه تنگ شده و مشکل میتوان آنرا به عقب کشید.

- درمان پسوریاسیس. بیماری پوستی پسوریاسیس برخی اوقات با ترکیبی از داروها و در معرض نور فرابنفش درمان می شوند.

-  سن. اغلب موارد سرطان آلت تناسلی در مردان بالای ۵۰ سال اتفاق می افتد.

نشانه های سرطان آلت تناسلی شامل گوشت زیادی یا زخم های روی آلت است، ترشحات غیر طبیعی از آلت تناسلی و خونریزی نیز از آن جمله است. جراحی برای برداشتن سرطان شایعترین درمان سرطان آلت تناسلی است. پزشک ممکن است از روش های جراحی زیر برای خلاصی از سرطان استفاده کند:

- برداشتن موضعی وسیع. برداشتن بافت سرطانی و مقداری از بافت طبیعی در اطراف آن.

- جراحی میکروسکوپی. جراحی است که در آن سرطان همراه با مقدار بسیار ناچیزی تا آنجا که ممکن است از بافت طبیعی برداشته میشود. در خلال این جراحی، دکتر از میکروسکوپی برای نگاه کردن به محوطه سرطانی برای اینکه مطمئن شود بافت سرطانی برداشته شده استفاده میکند.

- جراحی لیزر. از پرتو های باریک نور برای برداشتن سلول های سرطانی استفاده میشود.

- ختنه. جراحی است که در آن پوست ختنه گاه برداشته میشود.

- قطع آلت تناسلی(Penectomy) . جراحی است که در آن آلت تناسلی برداشته میشود. این شایعترین و موثر ترین درمان سرطان آلت تناسلی است. در عمل جراحی جزئی Partial از آلت تناسلی قسمتی از آلت تناسلی برداشته میشود. در عمل جراحی کامل قطع آلت تناسلی تمامی  آلت برداشته می شود.غدد لنفاوی در کشاله ران نیز ممکن است در خلال جراحی برداشته شوند.

اشعه درمانی (رادیوتراپی)، که از پرتو های با انرژی زیاد برای حمله به سرطان استفاده میشود ، و شیمی درمانی، که از داروها برای کشتن سرطان استفاده میکنند، انتخاب های دیگری هستند.